掌门之下，有灵药、炼器、制符、阵法四殿。
灵药殿殿主自然是罗紫嫣。
炼器殿殿主本打算让顾玄州担任，不过他寿元不多，与金老祖一样有心结，不愿意成为紫阳宗修士，与自己前半生告别。所以坚决推辞了这个任免，最后只能选了顾玄州弟子苏德慧，此人的炼器术远不如师父，不过也提升到了五阶。
制符殿殿主选了唐凤岚，她是五阶中品制符师，除了青禅之外，三宗的制符术以她为先。
阵法殿最为薄弱，除了青禅，十几个金丹都不擅长阵法，最终只能挑选了紫府九层的王成象，这代表着宗门将倾力扶持他结丹。
青玄宗的庶务殿完全撤销，成立新的善功阁，善功殿负责发放善功任务，方便宗门修士之间善功流转。善功阁的阁主，挑选了陆红娘承担。
善功阁之外，还有灵植、内务二府，内务府负责清点宗门府库，发放宗门供奉，内务府府主定下了聂星渊，灵植府负责经营灵药园，种植灵田，府主定下了寒烟。
除了这两堂、四殿、一阁、二府之外，宗门还设定了传道、护道、知客、真传四院。
传道院负责教导刚刚上山的孩童规章制度，功法典籍，算是入道修士上山的第一站。
护道院负责管理下沉郡县，驻守在郡县之中的紫府、筑基，都归护道院掌院看管。
传道院掌院定了聂良左，护道院掌院定了林若华。
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